加工贸易报关单特殊情况下填报要求如下：
 
　　1、少量低值辅料(即5000美元以下，78种以内的低值辅料)按规定不使用《登记手册》的，辅料进口报关单填报“低值辅料”。使用《登记手册》的，按《登记手册》上的贸易方式填报。
 
　　2、三资企业按内外销比例为加工内销产品而进口的料件或进口供加工内销产品的料件，进口报关单填报“一般贸易”。

　　三资企业为加工出口产品全部使用国内料件的出口合同，成品出口报关单填报“一般贸易”。

　　3、加工贸易料件结转或深加工结转货物，按批准的贸易方式填报。

　　4、加工贸易料件转内销货物(及按料件补办进口手续的转内销成品)应填制进口报关单，本栏目填报“(来料或进料)料件内销”；加工贸易成品凭《征免税证明》转为享受减免税进口货物的，应分别填制进、出口报关单，本栏目填报“(来料或进料)成品减免”。

　　5、加工贸易出口成品因故退运进口及复出口以及复运出境的原进口料件退换后复运进口的，填报与《登记手册》备案相应的退运(复出)贸易方式简称或代码。

　　6、备料《登记手册》中的料件结转入加工出口《登记手册》的，进出口报关单均填报为“进料余料结转”。
 
　　7、保税工厂加工贸易进出口货物，根据《登记手册》填报相应的来料或进料加工贸易方式。